A pleisztocénben élt óriások eltűnése a nagy kihalások egyik legérdekesebb talánya. A tudósok három fő elmélettel próbálják magyarázni ezt a kihalási hullámot: a terjeszkedő ember túlzott vadászata, klímaváltozás és járványok is okozhatták.
Ma szinte csak Afrika jut eszünkbe, ha a nagytestű állatokra gondolunk. Ott van az elefánt, az orrszarvú, a víziló, a bivaly, a zsiráf, az oroszlán és számos más állat. A pleisztocén időszakban azonban nem csak egy-egy kontinens, vagy élőhely tartott el óriási méretű állatokat, hanem az egész Föld valamennyi létező területére jellemző volt. Nagyra nőttek a szigetek és a vizek állatai is. A legismertebb óriás állatok a jégkorszaki állatfajok, a mamut, az óriásszarvas, vagy a gyapjas orrszarvú voltak. A pleisztocén megafauna legtöbb állata emlős. Csak kevés madarat vagy hüllőt találunk közöttük.
Miért alakultak ki egyáltalán mega méretű állatok? A tudósok több elmélettel igyekeznek ezt megválaszolni. A pleisztocén hideg éghajlata lehetett a nagytestű állatok kifejlődésének egyik mozgatórugója. A nagyobb testtömegű állatoknak ugyanis a testfelülete kisebb a tömegükhöz viszonyítva. Ez azt eredményezi, hogy a nagyobb állatoknak kisebb a fajlagos hőleadása, azaz javul a test hőháztartása, ami kifejezetten előnyös a zord klíma alatt élő fajoknál. Ezt a jelenséget a ma élő állatoknál is láthatjuk. Az egymással közeli rokonságban álló emlősfajok közül a hideg égöv alatt élők nagyobbak, a meleg égöviek pedig a legkisebbek. Érdekes módon a növényeknél ez pont fordítva van, náluk a délebben élő fajok a nagyobbak. A megafauna kialakulásának másik fontos oka a táplálék tápértékének a megváltozása, ami szintén klimatikus okokra vezethető vissza. A jégkorszak alatt a nagy tömegű jégképződés miatt csökkent a körforgásban lévő víz mennyisége, ezáltal szárazabbá vált az éghajlat. Ez az erdős területek csökkenéséhez és a füves területek növekedéséhez vezetett. A fű korlátlan mennyiségben állt rendelkezésre a növényevők számára. Az egyre nagyobbra növő növényevők mögött a ragadozók sem maradhattak le, hamarosan új, félelmetes húsevők léptek színre. A fűfélék tökéletes táplálékforrást jelentettek a növényevőknek. A fűfélék tápanyagtartalmuk jelentős részét lelegelés után is megőrzik, és újra tudnak hajtani, így folyamatos tápanyag-utánpótlást jelentenek az állatok számára. A hó alól kikotorva is élelmül szolgálhatnak az állatoknak.
Eurázsia óriásait a következő fajok alkották: barlangi medve, barlangi oroszlán, gyapjas orrszarvú, gyapjas mamut, óriásszarvas, sztyeppei bölény, rénszarvas. Az utóbbiak egy-egy eldugott helyen megérték a történelmi idők hajnalát. Nyugat-Szibériában az óriásszarvasnak az i.e. 6. évezredre datált maradványait is megtalálták. Az északkelet-szibériai Vrangel-szigeten pedig csak az i. e. 2. évezred közepe körül halt ki a gyapjas mamut helyileg kialakult törpe változata. Ma Európa legnagyobb állata a barna medve és az európai bölény.
Az elefántfélék fejlődése a Duna-glaciális korszak idején vált ketté, amikor a déli ágak kisebb termetűek lettek, míg az északiak hatalmasra nőttek. Ennek oka legnagyobb valószínűséggel a testfelület–tömeg arányának a hőmérsékleti viszonyokra nézve kedvező változása lehetett. A nagyobb termetű emlősök ugyanis könnyebben képesek testhőmérsékletüket fenntartani.
Bizonyos értelemben a megafaunához lehet venni a mintegy 28 000 éve eltűnő neandervölgyi embert is, mivel egyes elképzelések szerint kihalásához aktívan járult hozzá a modern ember.
Amerika állatvilágának gazdagsága a mai Afrikáéval vetekedett: tevefélék (nyugati teve, hosszúfejű láma), lófélék (nyugati ló, mexikói ló), antilopok, rövidfejű medve, észak-amerikai tapír, hosszúszarvú bölény, sztyeppei bölény, kardfogú macskák: amerikai oroszlán, észak-amerikai gepárd, valamint földi lajhárok, óriáslajhár, óriásfarkas, óriáshód, óriáskondor. Észak-Amerikában 3 őselefánt-féle is élt: a masztodon (Mamut americanum), a kolumbiai mamut (Mammuthus columbi) és a híres gyapjas mamut (Mamuuthus pirmigenius).
Ma az amerikai kontinens legnagyobb állata az amerikai bölény és a szürke medve (grizzly). Érdekes módon a mai farkas-, teve- és lófélék Észak-Amerikában alakultak ki. A lovak azonban kipusztultak, csak a spanyol konkvisztádorokkal jelentek meg újból Amerika földjén. A tevefélék néhány faja Dél-Amerikában azonban fennmaradt: a láma, a vikunya, az alpaka és a guanakó.
Dél-Amerika pelisztocénkori állatvilága viszonylag fiatal volt: a földrész a kréta idő során vált külön Afrikától (kb. 100 millió évvel ezelőtt), így az azóta eltelt évmilliók alatt sajátságos (endemikus) állatvilága alakult ki (például vendégizületesek, vagy ragadozó óriásmadarak). Ennek az állatvilágnak a fejlődésében fordulópontot jelentett, hogy a pliocén során, kb. 3 millió évvel ezelőtt létrejött a Panama-földhíd így a fejlettebb észak-amerikai fajok sok dél-amerikai faj kihalását okozták, viszont számos dél-amerikai faj is eljutott Észak-Amerikába (nagy amerikai faunacsere). Ma a dél-amerikai fajok mintegy fele Észak-Amerikából származik.
Dél-Amerika jellegzetes növényevő óriásai voltak a buzogányszerű farokkal és páncéllal ellátott őstatuk, a Glyptodontidák. A legnagyobb közülük a Doedicurus volt, hossza megközelítette a 4 métert. A Glyptotherium kicsit kisebb volt, 3 méteres. A csalitosokat hatalmas földilajhárok járták, a Megatherium americanum felegyenesedve 6 méter magas volt. A pleisztocén folyamán átvándorolt Észak-Amerikába is. A legnagyobb ragadozó emlős a Smilodon populator volt, mely 120 cm marmagasságával a korszak legnagyobb macskaféle volt, még az Észak-Amerikában honos rokona, a kardfogú tigrisnél (Smilodon fatalis) is nagyobbra nőtt.
Ausztráliába nem jutottak el a méhlepényes emlősök, ezért ott virágkorukat élték a tojásrakó emlősök és az erszényesek. Növényevő óriás erszényesek (például Zygomaturus trilobus, Palorchestes-félék), amelyek közül egyes fajok példányai a mai orrszarvúak méretét is elérték (pl. Diprotodon australis). Ezeknek a ma is élő rokonai a vombatok és a koalák.
A ragadozók közül említést érdemel az erszényes oroszlán (Thylacoleo carnifex), amely a mai afrikai oroszlánokhoz hasonló méretű ragadozó volt és növényevő erszényesekre vadászott.
Kb. 50 nagy testű kengurufaj, közülük a Procoptodon goliah mintegy 200 kg-os testtömegével két és félszer volt nehezebb a ma élő vörös óriáskengurunál. Egyes kengurufajok pedig ragadozók voltak!
Ausztráliában éltek még hatalmas madár-, illetve hüllőfajok is, mint például 3 m magasságot és kb. 500 kg tömeget elérő röpképtelen óriásmadarak (Dromornitidae-család képviselői) és a komodói varánusznál kétszer-háromszor nagyobb óriásgyík, a Megalánia, egy Volswagen Bogár méretű szarvas óriásteknős (Meiolania), valamint egy 5 m hosszú óriáskígyó, a wonambi. Ma Ausztrália legnagyobb állata (és Földünk legnagyobb erszényese) a vörös óriáskenguru.
Az ausztrál megafauna kihalását egyesek szerint a bennszülöttek égetéses vadászata okozhatta. Az ausztrál bennszülöttek viszonylag kevesen voltak és (legalábbis az első európaiak megjelenésekor) még a nyilat sem ismerték: ezért bár megjelenésüket „megérezhette” a megafauna, de talán végzetesen még nem rendült meg ettől.
Új-Zélandon az emlősöket csak néhány denevérfaj képviselte, nagyméretű hüllők sem éltek a szigeteken: így a szárazföldi gerinces fajok nagy részét a madarak adták. Mintegy tíz röpképtelen moa-faj élt a két szigeten: közülük a „legkisebbek” alig 1 méter magasak és 18 kg tömegűek voltak, a legnagyobbak magassága pedig elérte a 3 métert, tömegük pedig a 230 kg-ot. Ennek a különös ökoszisztémának a csúcsragadozója egy óriási sashoz hasonló ragadozómadár (Haast-féle sas) volt, amely a levegőből vadászott a moákra.
Madagaszkáron gorilla méretű óriási makik, tehén nagyságú „törpe” vízilovak, óriási szárazföldi teknősök és hatalmas elefántmadarak éltek (az utóbbiak közül némelyek magassága elérte a 3 métert, tömege pedig a 450 kg-ot és futball-labda nagyságú tojásaik voltak). Ma a hatalmas, franciaországnyi szigeten nem él 10 kg-nál nagyobb testtömegű őshonos állat, és a ma élő makik mind kisméretű, éjszakai életmódot folytató állatok.
Új-Kaledónia szigete óriásmadaraknak, szárazföldi teknősöknek és krokodiloknak adott otthont.
A Hawaii-szigeteken röpképtelen óriásludak éltek.
Mauritius szigetének röpképtelen óriásgalambja, a mauritis szigeti dodó pedig csak néhány száz éve halt ki.
A Földközi-tengernagyobb szigetein (például Ciprus, Kréta, Szicília, Szardínia és Málta) törpevízilovak, póni méretű törpeelefántok (például Loxodonta falconeri) és óriáshattyúk éltek.
A pleisztocén végén világszerte váratlanul nagyon hamar eltűntek a megafaunák. Ennek a kihalási eseménynek az okai nem teljesen tisztázottak még. Sokan a terjeszkedő emberiséget tartják felelősnek. Az ember egyaránt versengett az élőhelyekért a nagytestű állatokkal. Vadászatukkal, később pedig a földművelés elterjedésével egyre nagyobb területeket hódítottak meg maguknak, ezáltal csökkentve az állatok természetes életterét. Némely kutató járvány-elmélettel állt elő. Szerintük az ember olyan vírusok és baktériumok hordozója volt, amelyek megfertőzték és a kihalásig megtizedelték az állatfajokat. A magyarázat valószínűleg összetett. A klímaváltozás, a felmelegedés is igen nagymértékben hathatott az élővilágra.
A késő pleisztocén kihalási hullám mintegy 40-10 000 évvel ezelőtt játszódott le, viszont az időintervallumon belül az egyes földrészeken más és más időpontokban:
Ausztráliában mintegy 40 000 évvel ezelőtt;
Európában mintegy 12 000 évvel ezelőtt;
Amerikában mintegy 11 000 évvel ezelőtt;
Madagaszkáron mintegy 1500 évvel ezelőtt;
Új-Zélandon csupán 800 évvel ezelőtt.