A Fülöp szigeteki krokodil, az édesvizű folyókban, patakokban és tavakban és mocsarakban él. Emellett egy különleges élőhelyet is elfoglalt a Cordillera-hegység  és a Sierra Madre(tenger szint felett 850 m) folyóiban is megtalálható - mély medencék és zuhatagok váltakoznak -  számos mészkő barlang is található itt, ezeket előszeretettel használják búvóhelyként . Ez teljesen szokatlan a többi krokodilfaj viselkedéséhez képest.  Megfigyelték már sós vizek partjainál is, ahol a patak vize beömlik a tengerbe. Számos területen együtt található az itt őshonos 3 faj, az Új-Guineai krokodil, a bordás krokodil és a Mindoro-krokodil. A Mindoro-krokodil összességében a kisebb vizes élőhelyeket részesíti előnyben (sekély természetes tavak és mocsarak, mesterséges víztározók, sekély patak partok, mangrove területek) és egy-egy ilyen élőhelyen igen kis számban lelhetőek fel. Mind a hímek, mind a nőstények, körülbelül a 1,5 m hosszúság elérése után válnak ivaréretté. A súlyuk ilyenkor mindössze 15 kg.

A fiatal krokodilok előszeretettel vadásznak garnélára, kisebb halakra, csigákra és egyéb kisebb hüllőkre. A felnőtt példányok étlapján sokkal több emlős található, elfogyasztják a kisebb házi állatokat (sertést, kutyát) cibetmacskát, kígyókat és vízimadarakat, de ők is fogyasztanak nagyobb halakat.  

A párzási időszak januártól indul, a tojásrakás jóval később április-május időszakára datálható. A nőstények fészeképítő viselkedést mutatnak, a fészek anyaga általában bambuszlevelekből, gallyakból és talajból áll, további kutatások során kiderült, hogy 70% szerves és 30% szervetlen anyagot tartalmaz, a nedvességtartalma megközelítőleg 25-30% között változik. A fészek 2 m hosszú, 1,7 m széles és 55 cm magas. A fészkek elhelyezkedése jellemzően a folyó azon oldalán figyelhető meg, melynél jelentős bambusz liget és „könnyen” mászható partlejtő van. A fészekalj átlagosan 16-27 tojásból áll, fogságban jellemző a kisebb számú tojás (7-25). Meglepő módon, mind a hím, mind a nőstény őrzi és figyeli a fészket, lehetőség szerint felváltva. A nőstény általában a fészek közelében alszik. A költési idő 65-78 nap között mozog. A tojások 27 cm hosszúak és közel 54 g-osak. A ivart itt is a hőmérséklet befolyásolja, 30-31⁰C –on főleg nőstények, ennél magasabb hőmérsékleten főleg hímek kelnek ki. Az átlagos fészekhőmérséklet 29,5-30,8⁰C. A kelési arány közel 75%-os, ez azt jelenti, hogy 12-21 utód születik egy fészekben.  A veszélyt az jelenti, hogy jelentős az tojásveszteség, a tojásveszteséget a tojásfogyasztó állatok és az emberi kártétel okozza. 3 fészekből 2-t az emberek fosztogatják, ez fészkenként 13%-os veszteséget jelent.

A Mindoro-krokodil nagyon agresszív krokodilfaj, fogságban egymással is kifejezetten agresszíven viselkednek. A fiatalok kevésbé territoriálisak (2 éves korukig), ellenben a felnőtt példányok erélyesen védelmezik pihenőterületeiket. A krokodilpárok viszont együtt úsznak és napoznak, az előzőekben leírtam, hogy a fészekvédelmezése is közös feladat.

A lakosság bevonása és tájékoztatása – A közösség érdeke a krokodilok védelme, mivel az ebből származó jövedelem, a közösséget gyarapítja. Dollár milliókban mérhető az ökoturizmus és krokodil védelmi programokból származó jövedelmek. 

krokodil védelem fontos lépése a folyamatos monitoring rendszer. Ennek kiépítése és üzemelése már megoldott Cagayan völgyben, Észak Sierra Madre hegységben és a Dalupiri szigeten. Az alacsony populáció szint miatt, a jelenlegi növekedést fenn kell tartani, a folyamatban lévő programokat.  A populáció pontos eloszlásáról és méretéről, adatok nem állnak rendelkezésre.