A hüllők evolúciója:

A szoros értelemben vett hüllők vagy szauropszidák (Sauropsida vagy Reptilia) első ismert faja a Hylonomus lyelli. Ez a legrégebbi ismert hüllő körülbelül 20-30 centiméter hosszú volt. Felmerült ugyan, hogy a Westlothiana lizzae nevű faj még korábban élt, de erről a későbbiekben megállapítást nyert, hogy inkább a kétéltűekhez állt közel, mint a magzatburkosokhoz. A Petrolacosaurus kansensis, valamint a Mesosaurus nem fajai szintén a hüllők legelső képviselői közé tartoztak.

Az igazi hüllők két ágon fejlődtek tovább. A körülbelül 300 millió éve elkülönült anapszidák (Anapsida) masszív koponyáján csupán néhány lyuk található az orr, a szemek és a gerincoszlop számára. Az anapszidákat túlélő teknősöké is hasonló felépítésű, de erősen vitatott kérdés, hogy a koponyájuk nem később, páncélzatuk kialakulás közben fejlődött-e vissza ebbe a stádiumba.

A diapszidák (Diapsida) alosztályához tartozó hüllőknél a szemüregek mögött, kissé fölöttük egy-egy újabb nyílás (az úgynevezett halántékablak) alakult ki. A diapszidák fejlődése mintegy 280 millió éve két ágra bomlott. Ezek egyike a Lepidosauromorpha, amelybe a mai kígyók, gyíkok, hidasgyíkok és egyesek szerint a kihalt mezozoós tengeri hüllők tartoznak és az Archosauromorpha, amelyből a pteroszauruszok, dinoszauruszok és több más rend kihalásával mára csak a krokodilok és a dinoszauruszokból kifejlődött madarak maradtak.

A legelső masszív koponyájú magzatburkosokból már mintegy 310 millió éve kiváltak az emlősök ősei, az emlősszerű hüllők vagy szinapszidák (Synapsida). Az emlősszerű hüllőknek a diapszidákhoz hasonló halántékablakai voltak. Ez egyrészt könnyíti a koponyát, másrészt több helyet biztosít az állkapocsizmoknak. Bár gyakran a szauropszidáktól származtatják az emlősszerű hüllőket is, ezek valójában nem tagjai a Sauropsida vagy Reptilia osztálynak.

A Lepidosauromorpha ág két öregrendje közül a sauropterygiák kihaltak; a Lepidosauria öregrendből pedig mintegy 260 millió éve különült el a felemásgyíkok fejlődése – ezeknek mára mindössze két faja maradt életben az Új-Zéland északi területei körül helyet foglaló apró szigetkéken.

Az Archosauromorpha ágban a dinoszauruszok fejlődésének kezdeti szakaszában, mintegy 240 millió éve különültek el tőlük a krokodilok (Crocodilia) ősei (Crurotarsi), majd uralmuk vége felé, körülbelül 120 millió éve fejlődtek ki egy csoportjukból a madarak ősei, a hüllőmedencéjű dinoszauruszok (Saurischia).

A karbon korban (a devon és aperm időszakok közötti korszak, 359,2 millió évvel ezelőtt kezdődött és 299,0 millió évvel ezelőtt ért véget) már nem ritka primitív hüllők (Cotylosauria) továbbfejlődéséhez Laurázsia permben szárazra forduló klímája kedvező lökést adott. Ez a változás a Varisztidák kialakulásához köthető. A hüllők - szemben a kétéltűekkel - tápláló és védőburokkal ellátott, belsőleg megtermékenyített kemény héjú tojásaikat a szárazföldön rakják le, és e tojás a ragadozókkal és a szárazsággal szemben egyaránt nagyobb védelmet nyújt az ivadéknak, mint a kétéltűek vízi, külsőleg megtermékenyített petéi. Így a hüllők előtt megnyílt sok olyan száraz, barátságtalan környezet, mely addig meghódíthatatlan volt a négylábúak számára. Mindez kedvezett a hüllők adaptív radiációjának.

Eltérő éghajlati helyzete volt Gondwanának, ahol a permo-karbon jégkorszak mély nyomot hagyott a kontinens növényvilágán. A karbon és idős perm nedves hűvös klímája a fagytűrő, lombhullató, kistermetű, évgyűrűs fákból és bokrokból álló Glossopteris-flórát alakította ki. A Glossopteris magvait külön két kis összezáródó levél védte a hidegtől. Ez a tulajdonsága már a zárvatermőkre (Angiospermae) emlékeztet. A karbonban fellépő, triászig kitartó Glossopteris-flóra sajátos bélyegei a hideghez való alkalmazkodást bizonyítják. Egyesek a zárvatermők közvetlen őseit is a Glossopteris-flórában látják. Gondwana idősebb permi rétegeiből a jégkorszak miatt gyakorlatilag hiányoznak a hüllők. A perm közepétől azonban a laurázsiaival egyező, igen gazdag hüllőfauna élt itt, melynek bevándorlását az éghajlat felmelegedése tette lehetővé. A permi hüllők a karbonban már nem ritka ősből, a Cotylossauriákból fejlődtek ki. Egyik csoportjuk, a Pelycosauriák, igen bizarr megjelenésű, vitatott funkciót betöltő gerincvitorlával díszített állatok voltak. Gyakoriságban azonban ezeken is túltettek a perm közepétől triász végéig elterjedt emlősszerű hüllők (Therapsida). Leletekkel dokumentált nagyon szép fejlődési sor vezet ezektől a hüllőktől az első és legrégibb emlősökig. Egyes újabb bizonyítékok szerint az emlősszerű hüllők testhőmérséklete állandó volt.

A szárazföldek állatvilágában a hüllők uralma szembeötlő. A mezozoikum volt a nevezetes dinoszauruszok kora. Ezek a gyakran bizarr külsejű, olykor félelmetes méreteket elérő hüllők a triászban jelentek meg és a kréta végén haltak ki. Egyik legismertebb alkalmazkodási formájuk az óriási, 20-30 m-es testű, hosszú nyakú, apró fejű Brontosaurus, Brachiosaurus és Diplodocus. A törzset négy oszlopszerű láb emelte fel. Tavakban, folyókban élhettek, ahol a hatalmas test súlyát a víz felhajtó ereje csökkentette. A tófenéken járkálva keresték vízi növényekből álló táplálékukat. A növényevők másik ága erős páncélzattal védekezett a ragadozók ellen. Ilyen volt pl. a Stegosaurus, a Triceratops stb. A nagyméretű ragadozók két lábon jártak (a Tyrannosaurus 12 m hosszú volt), tőrszerű, hatalmas fogaik tanúskodnak táplálkozásmódjukról. A növényevők között is számos két lábon járó faj alakult ki. A két lábon járó formák mellső végtagjai gyakran elcsökevényesedtek. A jurában és krétában hüllők repkedtek a cikászok és a tengerparti sziklák, sőt a nyílt óceán felett. A hüllők, csakúgy, mint később az emlős denevérek, behatoltak a légkörbe is. A repülő hüllők (Pterosauria) bőrredőt növesztettek szárny gyanánt, melyet a mellső végtag hosszúra nyúlt negyedik ujja feszített ki. Első három ujjukkal kapaszkodhattak a fákon, mint később a denevérek. Csontjaik üregesek, könnyűek voltak, csőrszerű szájukban fogak ültek. A Pterosauriák legtöbbje kitűnő repülő volt.

A kígyók (Seprentes) a hüllők osztályának (Reptilia) Diaspida alosztályába tartozó, azon belül a pikkelyes hüllők rendjébe (Squamata) sorolt alrend. Legközelebbi rokonaik a gyíkok, ezt a közös ősök bizonyítják. Az evolúció során teljesen elvesztették végtagjaikat, sajátos testfelépítésűekké váltak. Az Antarktisz kivételével minden kontinensen megtalálhatók. 4,5 millió évvel ezelőtt még a tengereket is meghódították, a tengeri kígyók kivétel nélkül halálos mérgűek. A kígyók evolúcióját nagyon nehéz feltérképezni, mivel kevés fosszilia áll a rendelkezésre. A megmaradt csontok vagy erősen hiányosak vagy rossz állapotúak.

Az egyik legkorábbi kígyó a Lapparenthophis defrenni volt. Maradványait a Szaharában találták meg. Az állat 130 millió évvel ezelőtt a korai kréta időszakban élt. Bár a talált csontok csupán hiányos gerinccsigolyák voltak koponya és bordák nélkül, a csigolyák szerkezete egyértelműen a kígyókra jellemző. Nemrégiben egy másik kígyóféle két épen maradt csigolyáját is megtaláltak Spanyolországban, de mivel e két csigolyán kívül semmilyen más csont nem maradt fenn, az állat még tudományos nevet sem kapott.
 

Egy másik korai kígyó került elő Észak-Afrikából és Európa egyes részeiről. A Simoliophis-nak keresztelt csúszómászó 100 millió évvel ezelőtt élt és úgy tűnik, részben vagy teljesen vízi életmódot folytatott. Ennek ellenére egyetlen ma élő vízi, illetve szárazföldi kígyóra nem hasonlít. Mind a Lapparenthophis és a Simoliophis kihalt a kréta időszak végén, fejlődési águk megszakadt és nem hagytak hátra ma élő leszármazottakat.   

A legteljesebb kígyócsontváz Argentínából került elő. A felső kréta időszakban élt 2 méteres Dinilysia patagonica anatómiailag hasonlít a mai boákhoz és pitonokhoz, melyeket a legprimitívebb kígyóknak tartanak.
 
A Gigantophis nevű 10 méteres óriás a valaha talált egyik legnagyobb kígyó, szintén a boák rokona.

58-60 millió évvel ezelőtt élt a valaha talált legnagyobb kígyó, a Titaboa cerrejonensis. A Kolumbiából előkerült fosszilis gerincet a ma élő kígyók gerincének alakjával vetették össze és a számítások szerint a Titanoboa 12-16 méter hosszú, 1 méter átmérőjű és 1200 kg lehetett.

A Németországban felfedezett Paleryx még pikkelyek maradványait is megőrizte a testén. A tudósok arra következtetnek, hogy a kígyók a gyíkfélékből alakultak ki abban az időben, amikor a dinoszauroszok uralták a földet. A gyíkok a kígyók legközelebbi ma élő rokonai, testfelépítésük és életmódjuk hasonló. A herpetológusok úgy gondolják, hogy egyes föld alatt élő és vadászó gyíkfélék évmilliók alatt elvesztették a végtagjaikat, mivel az az életmódjuk miatt teljesen feleslegessé vált, és lassan kígyókká fejlődtek. A lábak csökevényes maradványai azonban a mai napig felfedezhetők egyes kígyókon, például pitonokon az ún. anális karmok formájában. Ezek a karmok a hímeken nagyobbak és párzás során a segítségükkel izgatják a nőstényt. A korai kígyófosszíliákon a lábcsontok apró nyúlványként még jelen vannak. 



36 millió évvel ezelőtt megjelentek a siklófélék. Akkoriban a nagy boák voltak a csúcsragadozók a kígyók között, az első siklók kicsik, kezdetlegesek voltak és csak kis számban fordultak elő. 20 millió évvel ezelőtt azonban a kontinensek mozgása lelassult, a földrészek elfoglalták mai helyzetüket és a siklók gyorsan betörtek az érintetlen vidékekre, majd elszaporodtak. 15 millió évvel ezelőtt aztán kialakult a siklók egy csoportja, melyeknek hátsó fogai megnagyobbodtak. Ezzel lassan kialakultak a hátsó méregfogas kígyók és felvirradt a mérgeskígyók kora.
10 millió évvel ezelőtt az első viperák is megjelentek. 

Anatómiai tanulmányok és fosszíliák vizsgálata alapján a teknősöket a kígyókkal, gyíkokkal és más hüllőkkel hozták közelebbi rokonságba. Mást mutattak azonban a genetikai elemzések, amelyek szerint több közös van bennük a krokodilokkal és madarakkal. Összehasonlító genetikai elemzésükben több kígyó-, teknős-, gyík- és krokodilfaj, valamint a csirke és a zebrapinty DNS-ét elemezték és vetették egybe. A történelmi kavarodást részben az okozhatta a kutató szerint, hogy a teknősök alapvető fizikai jegyeikben hasonlítanak a gyíkokra és kígyókra, beleértve háromkamrás szívüket is, miközben kevés fizikai hasonlóságot mutatnak a krokodilokkal. A 200-300 millió évvel ezelőtt kifejlődött teknősök eredete sokáig tudományos vita tárgya volt, mert fiziológiájuk az állatok evolúciós fájának másik ágára utal, mint a génjeik.

A krokodilok törzsfejlődése is érdekesen alakult. A dinoszauruszok idejében a krokodilok egészen másmilyenek voltak, mint az általunk ismert maiak. A krokodilok fejlődésében a legmeghatározóbb valószínűleg a 200 millió évvel ezelőtt bekövetkezett triász-jura kihalási esemény volt, amely eltörölte a fajok mintegy felét. A földi élővilág történetében egyik legnagyobb kihalási hullám végzett a therapsidák, az emlősök őseivel, amelyek addig nagyobb számban népesítették be a Földet, mint a dinoszauruszok és a krokodilok ősei.

A Xilousuchus az alsó- triász időszakban élt korai őskrokodil. Maradványait Északkelet- Kínában találták meg 1981-ben.

Az első Phytosaurus fosszília megtalálásakor nem vált azonnal nyilvánvalóvá, hogy ezek az állatok milyen fajhoz tartoztak. A elsőként tudományos nevet kapott faj a Phytosaurus cylindricodon (nevének jelentése 'hengeres fogú növény gyík') volt, melyet 1828-ban G. Jaeger nevezett el, aki az állcsontban talált megkövesedett sarat növényevő fogazatnak vélte. A példány gyengén őrződött meg (nem diagnosztikus) és a faj nevét már nem tekintik érvényesnek. Magát a Phytosauria csoportot Hermann von Meyer német őslénykutató nevezte el 1861-ben, az első faj után. Bár a megjelenésük és az életmódjuk nagy mértékben hasonlít a krokodilokéra, számos kisebb eltérés különbözteti meg őket az igazi krokodiloktól. Például a phytosaurusok bokájának felépítése jóval kezdetlegesebb, mint bármelyik krokodilé. Továbbá a phytosaurusoknál hiányzik a csontos másodlagos szájpadlás, ami a krokodilok számára lehetővé teszi, hogy akkor is tudjanak lélegezni, ha a szájuk tele van vízzel.

A legkorábbi ismert valódi krokodil szabályos kerek pajzsot viselt a koponyáján. Az Aegisuchus witmeri részlegesen fennmaradt koponyája Marokkóban került napvilágra. A késő kréta időszakot, a 95 millió évvel ezelőtt periódust a dinoszauruszok korának szokás nevezni. Azonban a legutóbbi időben számos olyan fosszília került napvilágra, amelynek alapján ez az időszak legalább annyira a krokodilok kora is volt. Az Aegisuchus witmeri koponyáját más krokodilfélékével összehasonlítva arra a következtetésre juthatunk, hogy sokkal laposabb volt, mint az utódoké. A kutatók szerint ezért az Aegisuchus witmeri aligha szállt harcba a dinoszauruszokkal. Hosszú, keskeny pofájából ítélve inkább halászhatott: meglapult, és leste, hogy mikor úszik a közelébe a gyanútlan zsákmány, amelyet gyorsan bekapott.

 A Crocodylus thorbjarnarsoni 2-4 millió évvel ezelőtt élt Afrikában, maradványait Kenyában tárták fel. Az óriás testhossza meghaladta a 8 métert, míg a nílusi krokodil nem éri el a 6,5 métert sem. A krokodil távoli őseink kortársa volt, és nagy veszélyt jelenthetett a vízhez merészkedő korai emberfélékre, akik magassága legfeljebb 1,2 méter volt. A kutatók nem találtak eddig olyan fosszilizálódott emberi maradványokat, amelyeken krokodiltól származó harapásnyomokat fedeztek volna volna fel. A krokodilok azonban bármit bekapnak, ami az útjukba kerül, ráadásul a Crocodylus thorbjarnarsoni lényegesen nagyobb volt, mint a mai hüllők. Azonosították az afrikai emberevő szarvas krokodilt, a Crocodylus anthropophagust is, amely 1,84 millió évvel ezelőtt élt a mai Tanzánia területén. A Crocodylus thorbjarnarsoni nem áll közvetlen rokoni kapcsolatban a nílusi krokodillal. Ez azt jelenti, hogy a nílusi krokodil viszonylag fiatal faj, nem pedig őskori élő fosszília, ahogy sokan tartják.

A Champsosaurus a gaviálokra emlékeztet, és hozzájuk hasonlóan, hosszú fogakkal szegélyezett pofájával a folyókban és mocsarakban halakra vadászott. Valószínűleg oldalazó testmozgással úszott, az ellenállás csökkentése érdekében a lábait a testéhez szorítva, ahogyan a krokodilok és a tengeri leguán. A Champsosaurus szemei előtt a koponya nagyon széles volt és erős állkapocs izmok számára biztosított tapadási pontokat. Nevének jelentése: "krokodil gyík". Kb 1,5 m hosszú volt.

A Deinosuchus a késő kréta korban élő 12 méteres őskrokodil volt. A példányok elterjedése azt jelzi, hogy ezek az óriás krokodilok feltehetően a tölcsértorkolati környezetet kedvelték. 2002-ben megállapították, hogy  több olyan Hadrosaurida farokcsigolya került elő, amelyen a Deinosuchus fognyomai láthatók, megerősítve azt a korábbi feltevést, hogy a Deinosuchus legalábbis egyes esetekben dinoszauruszokkal táplálkozott.
 

Ma a kígyók az összes élőhelyen megtalálhatók a tengerektől a magas hegységekig. Az állatvilágban igazi túlélőművészek, az egyik legrégebben bolygónkon jelenlévő állatcsoport képviselői, a végletekig képesek alkalmazkodni és páratlan anatómiai sajátosságokkal rendelkeznek. Mondhatjuk, hogy a kígyók elérték evolúciós fejlődésük csúcspontját és hogy történetük evolúciós sikertörténet. Lenyűgöző, hogy egy esetlennek tűnő, végtagok nélküli állat hogyan képes boldogulni és fennmaradni az emlősök uralta világban. 
 
A kígyók fejlődéstörténetének feltérképezése a legnehezebb a feladat, az egyik legnagyobb kihívás a tudósok számára. A kutatók DNS analízissel és egyéb eljárásokkal próbálják bizonyítani az ősi fajok rokonságát egymással és ma élő fajtákkal. Ennek ellenére az őskígyókról még nagyon keveset tudunk, a meglévő csontok pedig nem elegek ahhoz, hogy teljes képet kapjunk az életmódjukról. Még bőven van mit tanulnunk és felfedeznünk e lenyűgöző állatcsoportról.